細菌の中で、最も記載種の多い分類群です。そのぶん、生理学的な面も、生化学的な面でも多様な側面をもった細菌群です。

近年の165rRNA塩基配列に基づくプロテオバクテリア門は、アルファプロテオバクテリア網、ベータプロテオバクテリア網、ガンマプロテオバクテリア網、デルタプロテオバクテリア網、イプシロンプロテオバクテリア網の5っの網に分けられています。